奧古斯丁的神義論(Theodicy)
不少人認為根據基督教信仰，苦難是難以理解的，因為如果上帝是全能及至善，怎會容許苦難發生。大衛休謨(David Hume)等哲學家便曾提出類似的詰問︰如果上帝是至善，祂不會容忍世上充滿苦難和罪惡；如果上帝是全能，祂可以制止罪惡發生。世上充滿苦難和罪惡，這只帶出兩種可能：一是上帝是全能，卻不是至善，因為祂罔顧世人死活；二是上帝是至善，卻不是全能，因此祂無力阻止災禍發生。
上帝是至善的，因此一切苦難或苦罪都與他無關。上帝沒有創造苦難或惡，惡的存在完全基於上帝讓人有自由意志。人可貴之處在於可以選擇，當人運用自由意志時，便有可能拒絕美善；當人不在美善之中，便自然陷入惡中。不過，人也必須承擔選擇的後果。
即使墮落後的人，本身也不會變得完全沒有美善，他仍然有良知，只是有些時候，人會執著於追求一些所謂的小善，並把它偶像化，這樣反而阻止人去追求至善。例如當人以為行施捨是極大的美事，也認為自己行得足夠時，卻沒有正視自己內心的黑暗，又或是好好修補自己與上帝的關係，那麼施捨便成為了阻止人去追求至善的小善。當人放棄至善，人的私心便令人誤用自由，惡便隨之而來。因此，有很多所謂的苦難，探其源頭，不是來自上帝，而是來自人的自私及慾望。
自然律與失序
「人種的是甚麼，收的也是甚麼」(加六7)，雖然基督教並不完全排除因果律，但有些苦難的發生，本身是沒有原因的。伏爾泰憤恨地震毀滅很多敬虔生命，不過，大自然本身便存在很多天災，只是當地震不牽涉人命的時候，鮮有人知道曾有地震發生。以前地球人口稀少，人類可以選擇避開地震帶居住，但隨著人口愈來愈多，人類可以選擇居住的地方已經很有限制，甚至要住在地震帶之上等。
上帝創造了世界，讓世界自然運行，然而世界也因著人的罪受咒詛，地震及洪水等均按自然律發生。如果自然法則時有時無，就沒有一個穩定的世界，那麼生命只如一場夢幻。1755年里斯本發生的地震，上帝當然有能力遷移教堂，但祂不一定要如此行。祂既然按照祂的理性創造了這個世界，便讓它按自然律運行。人類不明白上帝為何不阻止悲劇，這是必然的，因為人無法與上帝有同樣的智慧，就如一個小孩子很難明白，為何當他哭著要注射防疫針時，父母都不理會他。直到長大後，他才能明白父母的心意。
這並不是說上帝是無情的。面對受苦的約伯，上帝不單責備約伯的朋友胡言亂語，使祂的旨意不明，祂還向約伯展視宇宙之大及宇宙之美。各事物發生及井井有條地出現，目的是向人類宣示一項事實：這宇宙是有理序(order)的。相反，苦難本身是無序(disorder)的，以及違反理性及自然律。上帝向約伯及世人顯示祂仍然坐著為王。雖然苦難讓人感到痛苦或不明白，宇宙卻是極其偉大，仍在祂掌管之下。不能因為一些苦難便否定上帝的存在，質疑祂的慈愛。正如德國哲學家萊希尼茲(Leibniz)所言，上帝創造了這個世界，雖然有苦難，但按照上帝的慈愛來看，應該是盡可能是最好的一個。
化妝的祝福？
有不少人認為人可以在苦難中學到了堅忍，生命質素因而提升，於是便把苦難看作是上帝給信徒的功課，為了鍛鍊信徒，讓信徒成長。因此人要存著感恩的心接受這一份禮物，並視之為化妝的祝福。
在文化大革命期間，很多人受盡無理逼害及凌辱，甚至家散人亡。煎熬過後，他們的生命質素反被提升，於是便向那些逼害他們的官員道謝，感謝這班官員讓他們歷盡苦難，明白受苦的意義。在我們看來這做法是荒謬的，把苦難稱為化妝的祝福，最基本的問題是把本為惡的苦難從本質上變成善，這在倫理學上是錯誤的。
人犯罪之後「地受咒詛」，大地在等候救贖期間不斷發生疾病及天災，這些苦難是隨機及無意向的臨到人類，不是臨到這個就臨到那個。某人有病或發生意外不是道德問題，也不是上帝的偏好。上帝不會亂擲骰子，今天要你受苦，明天要他受苦，這是難以想像的。
苦難中仰望上帝的恩典
人生中有很多苦難，有些是自然界所引起，有些是出於人的罪，世界成了生命歷練的場所。雖然上帝容許某些苦難發生，有祂整全的計劃，但不可以說是上帝「創造」苦難。苦難本身就是惡，苦難的本質與上帝的愛對抗，所以上帝應許苦難只是一個暫時現象。祂全權掌控，施行救贖，到了新天新地，所有痛苦及眼淚都要過去。
信徒經歷苦難後生命質素得以提升，這句話並非肯定苦難的本質意義，而是肯定信徒生命的堅忍。期盼面對世上的痛苦，我們仍能信靠上帝並且愛祂，因為面對我們的苦難，上帝並不是無動於衷，而是會對我們說：「我的恩典夠你用！」(林後十二9)。
