1453年東羅馬帝國被土耳其人攻滅,君士坦丁堡牧首區雖仍被鄂圖曼土耳其帝國承認為東派教會的牧首,但實際上處於被征服的地位,權威盡失,於是自十六世紀起,先後在俄國與世界各地(大部份在東歐與中歐)產生了在法規和行政享有全部獨立權、自選大主教和主教的「自主教會」。
東正教會現有四個牧首區與十五個自主教會,以傳統的尊稱順序排列依次為:君士坦丁堡牧首區、亞歷山大牧首區、安提阿牧首區、耶路撒冷牧首區、俄羅斯正教會、喬治亞正教會、塞浦路斯正教會、塞爾維亞正教會、保加利亞正教會、羅馬尼亞正教會、波蘭正教會、希臘正教會、捷克斯洛伐克正教會、阿爾巴尼亞正教會、美國正教會、烏克蘭正教會、日本正教會、西奈正教會、及芬蘭正教會。
他們共同尊君士坦丁堡牧首區為東正教名義上的精神首腦,但君士坦丁堡牧首區對他們並沒有實質的管轄權。這些教會以相同的禮儀、教規,教育他們的信徒,傳揚自認為最符合使徒精神的基督信仰。現今全世界約有東正教徒1.3億,根據MARC(Mission Advanced Research and Communications Center)1993年的估計,到公元2000年,全球將有2億的東正教徒,佔所有基督教徒的10%。