第一,這種神學忽視了罪對於人的本性(包括理智)之影響:
罪
進入世界以後,上帝的普通啟示雖然繼續存在,但是罪人對這種啟示的理解力已經大為減低;實際上人已經無法正確地解釋自然啟示了。自然神學事實上已經超出自
然啟示在客觀上之存在的觀念,而進一步強調「自然之人」本性自然亮光在主觀上的瞭解能力。而這能力正是保羅所否認的(羅一︰21,23;徒十七︰22,29)。
第二,自然神學忽視了超自然啟示對於解釋自然啟示的功用:
自然神學事實上將超自然啟示和自然啟示隔離成兩種完全獨立的啟示,以至錯誤地認為不可以不顧超自然的啟示,而單獨進行對自然啟示作正確的認識及估價。但聖經卻明確地說,人必須藉著對真神的信心,才能認識他在自然中的啟示(來十一︰3;詩十四︰1,3;箴一︰7)。再者,這種自然神學為反對超自然啟示者鋪下道路。唯理主義及自然神學強調上帝在自然中的啟示,而否認除了自然啟示以外有超自然啟示的存在和需要。
第三,自然神學所「證明」的上帝,不是聖經中所啟示的三位一體之真神:
這種證明對於基督教真理的傳揚,有害而無益,因為這個上帝可能就是保羅在雅典街上所看見的「未識之神」,而與那位向摩西顯現之「自有永有」的上帝,毫無關係可論。
第四,天主教自然神學根據之一的「本體類比論(Ana-logy of being),事實上將上帝和世人放在同一等位上: