改教運動者與羅馬天主教對教會的觀念，完全分裂，但是他們自己中間，在若干問題上，也有不同的意見。
路德對於無誤的、教職階級製的教會，特殊祭司職，用聖禮施行救恩，都表示贊同。他認為教會乃是基督信徒屬靈的團契。他恢復所有信徒的祭司職。他維護教會合一論，但把教會分作有形的與無形的兩種。惟他又審慎的指出，這並非兩個教會，乃僅為同一個教會的兩面。無形的教會成為有形的，並非由於主教和紅衣主教的統治，也非由於教皇的領導，而乃由於遵行上帝的道。路德也承認有形的教會裡面的成員，乃是良莠不齊的，有敬虔的，也有邪惡的分子。但是在他反對羅馬天主教以教會統治國家一點上，他又趨於極端，教會除了傳揚主道以外，必須順服國家。
重洗派（Anabaptists）不滿路德之說︰他們又復藐視有形的教會以及上帝賜恩的方法（Means of Grace神恩的媒介）。他們又要將教會和國家絕對分開。
加爾文與改革宗神學家，和路德一致認為教會乃為聖徒的團契（ Communio Sanctorum ），不過他們乃不同路德宗那樣，注重教會客觀的條例和儀式；他們乃靠信徒主觀的交契，以求教會的合一與聖潔。他們也把教會分為有形的與無形的兩面，但是分法乃稍有不同。
加爾文認為教會真正的標記，非僅在謹守遵行主的道，而在忠實的持守履行教會的紀律。但是十七世紀的改革宗神學家雖有一種意念，認為教會要順服國家；可是他們乃不同路德宗，他們已經建立一種教會行政的方式，使教會有高度的自由和權能。
但是無論是路德宗和改革宗神學家，乃都期望維持有形教會與無形教會之間正當的關係。十七世紀的蘇西尼派（Socinians）和阿敏念派（Arminians）的學者，他們雖口講無形的教會，但在實際上，乃完全忘卻何謂無形的教會。前者以為基督教乃僅一種可接納的道理。而後者則把教會作為一個有形的團體，除了傳揚福音以及訓勉會友以外，則把教會的權柄讓給國家。
此外還有拉巴第派（Labadists）和敬虔派（Pietists）則適得其反，他們且有漠視有形教會之勢，對於那些良莠不齊兼做社會事業的教會，不放在眼中，而希望在秘密集會（Conventicles）中得到靈性的造就。
