面對改革的潮流，羅馬天主教被迫作出反應，承認人得救不是靠行為，而是靠上帝的恩典。然而，從 Council of Trent（1545~1563）中可以看到，羅馬天主教拒絕了許多改教者所提出的人論，其中以下兩點比較突出。
第一，關於人的自由意志：
雙方都承認人的墮落，而天主教承繼托馬斯阿奎那的論點，認為盡管人墮落，但人自由選擇上帝的能力仍然保存，並且藉此能力與上帝的拯救配搭，使上帝拯救的恩典加增。與此相反，改教者更傾向奧古斯丁的觀點，認為人完全敗壞，沒有任何願望和能力選擇上帝或與上帝配搭。
第二，承認受洗除去人的罪：
但天主教認為受洗只是除去了原罪，人仍然有犯罪的傾向，仍然需要為自己的罪負責。並且天主教認為，人可能因罪拒絕上帝拯救的恩典，稱義並不能完全保証人最終的救恩。
改教者則認為人經過了受洗，罪就不再歸在我們身上，就不需再為罪負責。
加爾文（1509~1564）繼承了路德關於人在本質上是墮落的觀點，認為上帝儘管賜給世人智慧，但人裡面滿了驕傲；人本身所謂的理性，只能自欺欺人，使人陷入虛空、黑暗之中，除非有神聖真理之光的光照，我們無法脫離盲目的自信和自誇而順從於上帝。
後來的加爾文主義，更加強調人無望自救，認為得救完全靠上帝的恩典，因為整個人類都處在“完全淪喪”（total depravity）的狀態，既不願也不能轉向上帝。
有的學者注意到，路德馬丁的著作重在人的罪與上帝的恩典之對比，而加爾文的著作則通篇可見人的卑微與上帝的威嚴之對比。的確，加爾文毫不保留地論述人的真實情形：不幸、貧窮、赤身、一無尊榮，這與現代強調人的尊嚴與自信形成鮮明的對比。
路德馬丁（1458~1546）對稱義之真理的尋求，源於他自己的經歷，因為他覺得無論怎樣苦修，總不能脫離上帝的定罪，甚至到最嚴謹的修道院裡還是無濟於事，直到他從保羅的書信裡得到啟示，看見基督是我們的拯救，是我們的倚靠，我們因信而從律法得自由。他高舉“唯靠信心，唯靠恩典，唯靠聖經”（sola fide, sola gratia, sola scriptura），認為人要得救，不必靠教會、不必靠聖職人員、不必靠人理性的能力，也不必靠自己的苦修等，唯一信靠的就是上帝。
路德對墮落人之本質的看法，與托馬斯阿奎那不同。托馬斯阿奎那承認人的墮落，也承認需要上帝的恩典，但同時認為墮落之人尚有很大可取之處，墮落的人仍然能夠靠理性、心思的能力選擇良善等。路德承繼奧古斯丁的觀點，認為人失去自由選擇的能力，必須完全倚靠上帝的恩典才能得救。
當然，路德一面強調不憑自己的行為，唯靠著上帝的恩典才能得到真正的自由，但另一面也絕不反對人要有好的行為，因為好行為盡管不是得救的根據，但得救的人必有好的行為。
在得救與教會的關係上，路德的觀點與奧古斯丁不同。奧古斯丁面對多納徒派（Donatists）的分裂，極度強調教會這個團體的重要性，宣稱不在大公教會裡，人就不能得救。而路德認為人得救是靠著上帝的話，每個人都可以從聖經直接獲得得救的智慧，絕非必須靠著教會才能得救。
路德這種對教會團體功用的淡化，顯然是針對當時羅馬天主教的墮落而言。然而，這種對團體一面的淡化，無形中成了對個人一面的強調，甚至被後來的學者認為是改教時期出現個人主義的根源。
托馬斯阿奎那（1225~1274）的巨著《神學總論》（Summa Theologiae）影響至今。與前面的神學家不同，他的思想不是基於柏拉圖哲學（盡管他也頻頻引用柏拉圖），不是從抽象到具體的思維，乃是基於亞裡士多德哲學，是從具體到抽象的思維。他的著作第一部分是關於上帝和上帝的本性，第二部分就是大量篇幅的人論，第三部分是關於基督和教會。
托馬斯阿奎那認為，人有上帝的形像，而這形像主要是指人的智能，自由的意志和自我行動的能力。與奧古斯丁一樣，托馬斯阿奎那承認人天生有對上帝的渴慕與尋求，並且人自己能斷定上帝以外的任何東西都不能使人滿足，人最終的喜樂乃是與上帝面對面。
托馬斯阿奎那認為墮落損壞了人的本質，但本質沒有完全敗壞，比如人仍有一定的能力向上帝回轉，人憑天然還是能作出一些好事等，但沒有上帝的恩典，人憑自己絕不能達到終極的救恩。
安瑟倫（1033~1109）強調心思的功用，其名言“信仰尋求理解”（faith seeking understanding），成為後期人論的代表性觀點。在此之前，心思的功用並非不被重視，但強調隻有在聖經的亮光和啟示下，心思的功用才有意義。安瑟倫則不同，盡管他不否認聖經的啟示，也不否認“上帝賜人對信仰的理解”，但他所考慮的是，如果不以啟示為前提，用他自己的話說就是，“假設沒有基督”（supposing Christ were left out the case），單靠人的心思，是否也可得出聖經的啟示。
例如，安瑟倫似乎單靠推理，也能得出上帝必然存在的結論，盡管這種推理至今還有許多爭議。他定義上帝是“比任何可能之物更大之物”（a being than that which nothing greater can be conceived）；從觀察而知，一物在實際中存在，比隻在想象中存在更大；所以上帝既是“比任何可能之物更大之物”，上帝在想像中存在，也必要在實際中存在。再如，安瑟倫似乎也靠心思的推理，得出上帝必須成為人。他認為，亞當背叛混亂了造物主與被造之物的等次，為此亞當必須付贖價；但亞當是人，無能償還，上帝有能償還，但以上帝的身分卻不合式；所以，上帝必須成為人，有能又以合式的身分作贖價，這人就是耶穌基督。
這種脫離神聖啟示的推想，漸漸使活的上帝成為抽象的概念，對活的上帝之經歷成為對死的概念的考究，使真實的基督徒生活成為虛空心思的想象。這個過程中，修道院逐漸成為大學，修士成為神學家，考慮的問題與實際生活越來越遠，甚至辯論一個針尖上到底能站幾個天使這類虛無飄渺的問題。到頭來，神學家也可以不必是基督徒，因為人若只靠心思，不靠啟示就能認識上帝，為什麼必須成為基督徒？
奧古斯丁對上述的基督教柏拉圖主義和禁欲主義都很熟悉，因為他曾受米蘭的安波羅修（Ambrose）的影響而成為新柏拉圖主義者，後來奧古斯丁在希波（Hippo）作主教時，又接觸到當時盛行的以強調體、魂聯結為名的禁欲主義。但因著與多納徒派（Donatist）和伯拉糾（Pelagius）論爭，奧古斯丁逐漸發展出一套嶄新的人論觀點，並影響了以後的教會。
奧古斯丁認為，亞當墮落後，人類盡管尚有對上帝的渴慕，但卻已喪失自由選擇的能力。他在《懺悔錄》中把這種渴慕表達得淋漓盡致，但他認為這種渴慕只是基督之靈的恩賜，絕非保存完好的人內裡的能力。他堅決反對人能藉著錯誤學習，並最終克服罪惡而獲得救恩的觀點。他認為人類藉著天然的光照和揣摩，也許略知何為善惡，但絕無能力選擇良善以贏得救恩，沒有上帝的恩典，人最多只能用一種慾望克服另一種慾望，或者因對上帝的懼怕而被迫克制所有慾望。所以，人能獲得救恩，完全是出於上帝的恩典。奧古斯丁的人論觀點，被來來的改教者所高舉，如路德馬丁的“唯靠恩典”之理論。
禁慾主義和柏拉圖主義的人論盡管從未消逝，但奧古斯丁的人論漸漸成為教會的主流和傳統。奧古斯丁一百年之後的 Synod of Orange（529AD）宣稱，亞當的墮落不僅使環境敗壞，使人離開了完美的伊甸園，更使人本身變質。而人的變質，不是單指身體敗壞，也包括魂的敗壞，並且不是亞當一人敗壞，而是像遺傳一樣，遍及亞當所有的後代。所以所有人都在本質上敗壞至極，絕沒有自動選擇良善的能力，也不會靠著自然啟示而渴慕追求上帝。人的得救完全是出於上帝的恩典，但恩典的來臨絕非是對人作工的賞賜。人若尋求上帝，或是愛上帝，或有什麼美德，都不是出於自己，乃是上帝的恩典，是聖靈在人裡面的作工，使人立志並行事。該次大會不僅強調了墮落的人需要上帝的恩典才能得救，甚至也清楚指出，亞當即使沒有墮落，也仍然需要上帝的恩典，沒有上帝幫助，亞當無法拯救自己，也無法保守自己的救恩。
督教從一開始就面臨著希羅文化與哲學的挑戰。早期教會在傳福音的過程中，得到了一群受過高等希臘文化教育——當時的希臘文化教育就是以柏拉圖主義為主軸——的社會菁英，他們或著書以羅馬帝國能夠理解的思維方式與帝國的高層溝通，而成為基督教信仰的辯護者——護教士（如：游斯丁）；他們或因著自身優越的教育水平，而成為教會的領袖，在教會內部進行教義的詮釋並抗擊異端（特別是諾斯底主義）而成為教父（如：愛任紐）。而柏拉圖主義的思維與辯論方式順理成章的成為他們手中的工具。
在同時，本身就具有濃厚柏拉圖主義色彩的諾斯底主義，也因其教義與基督教的高度類同，而以神秘知識作為平台，入侵基督教。總而言之，不論是基督教內或是基督教外，都充斥著濃厚的柏拉圖主義的氣氛。這使得早期教會在二世紀左右就爆發了信仰與哲學的關係之爭。
特土良（Tertullian）代表的，是保守派，認為基督教信仰當與哲學進行徹底的切割，其名言為：“雅典與耶路撒冷何干？學院與教會何干？”（What has Athens to do with Jerusalem? Or the Academy with the Church?）
在另一方面，亞歷山大的革利免（Clement of Alexandria）代表的是開明派。革利免認為真正的知識乃是在基督教的信仰之中（相當與後世的“特殊啟示”），然而希臘哲學中也具有對於基督教信仰的啟示（相當與后世的“普遍啟示”），特別是柏拉圖主義，因此柏拉圖乃是“在基督之前的基督徒”。而基督徒因獲得了對於上帝的真正知識，故乃是“真正的諾斯底主義者”。革利免對於柏拉圖主義的深厚功力，使得他在西方哲學界中被認為是“中柏拉圖主義”（Mid-Platonism）的開創者。
亞歷山大的革利免對於哲學的開放態度也明顯的影響了基督教人論的發展。在他之前的護教士——教父，如愛任紐（130-200）等都承認人是由靈、魂與身體三個部分所組成的。亞歷山大的革利免則首開先例，根據柏拉圖主義的傳統，將人的靈等同於人魂中的心思，而成為第一位在基督教人論上採取“雙軌制”的教父。革利免對於基督教人論造成了三大影響：首先，因為他對於柏拉圖主義的開放態度，甚至使用柏拉圖主義的觀點來詮釋聖經，造成了基督教人論迅速的“柏拉圖主義化”。“靈”與“魂”，“靈”與“心思”的界線被模糊，三者被等同。
其次，“人論雙軌制”造成教父們在著作中若對於人性進行概括性（in general）敘述的時候，就採取二元論的敘述方式；當教父們對人性進行特殊性（in particular，或詳細的）敘述的時候，則採取三元論，並“靈”等同心思的立場。
最後，靈命的重點從“靈”被轉移到“心思”。我們在革利免之後的三元論教父，如：俄利根，女撒的貴格利，奧古斯丁，屈梭多模和耶柔米這幾位明確支持三元論的教父身上都看見這三個現象。甚至連傳統認為是標准的二元論立場，持改革宗神學的加爾文約翰和歐文約翰，都在靈與魂可以通用的前提下，承認當兩者同時出現的時候，人的靈乃是理性的部分，人的魂乃是情感與意志的部分。我們仍然可以從他們身上看見柏拉圖主義的影子。
禁欲主義視上帝的形像為人裡面選擇的能力，其實強調的就是人的意志。而基督教柏拉圖主義，則看上帝的形像為人的理性，認為人的理性不僅能夠認識上帝，也能夠認識人自己，人最深的渴慕就是能在愛裡與上帝的靈相聯。這種與上帝聯結的渴慕，成為人獲得救恩的前提，因為人越與上帝聯結，就越有分於上帝的美善，結果就越渴慕上帝，如此不斷循環加強，至終達到與上帝完全聯結並獲得獎賞。
關於得獎賞的條件，柏拉圖主義與禁欲主義不同，盡管二者都關注上帝的形像，但柏拉圖主義是靠著裡面不斷與上帝聯結的加深而得獎賞，而禁欲主義是靠著外面完美遵行上帝的誡命而得獎賞。
關於對物質的態度，柏拉圖主義不像智慧派一樣認為物質的身體是邪惡的，相反的，柏拉圖主義認為身體是人的必要組成部分，只是物質低於靈，不具備理性，所以物質不能像靈一樣進入與上帝的聯結裡。柏拉圖主義認為上帝原初的心意不是要定罪體，只是要體受靈的主導，好使人的靈能自由的與上帝的靈聯結。
俄利根（ca. 185-254）就是持這種等級觀念的代表人，有趣的是，他認為這種等級有三層：最高是靈，其次是魂，最低是體，暗示人是由靈、魂、體三部分構成的。當然，柏拉圖主義也意識到，人的墮落和罪惡使人的靈不僅遠離上帝，也失去了對肉體的權柄，以致被肉體擄來服事肉體的邪情私欲，所以他們也提出，人要得救，必需上帝的恩典。
綜上所述，智慧派致力於靈從肉體的釋放，禁欲主義重視人裡面自我選擇的能力，也就是人的意志，並靠此來遵守上帝外面的誡命，而基督教柏拉圖主義則強調在上帝的恩典中，人本身的理性會選擇與上帝的靈聯結。
禁欲主義和柏拉圖主義強調的得救方式不同，但二者都不認為人已經失去渴慕上帝並選擇良善的能力。在早期教會中，教父們多少都受希臘哲學的影響，認為上帝的形像主要是指人的理性或意志，例如游斯丁（Justin Martyr）常把理性和意志放在一起使用。教父們肯定身體是上帝照著原初的心意創造的，但同時也認為身體是較低的一部分，需要受管教。
