一般基督徒都曉得，在路德身上所肩負的改教使命，主要是高舉三個『惟獨』：惟獨聖經(sola Scriptura)、惟獨信心(sola fide)與惟獨恩典(sola gratia)。路德所揭櫫的這三項原則—聖經、信心、恩典，都與救恩有關。但我們也發現，路德神學與聖靈的關連性相當高。例如，他認為乃是聖靈藉著福音的話運行作工，使人藉著信得著上帝的救恩；因此信是上帝奧祕的恩賜(mystical gift of God)，使信徒能有分於上帝，與上帝成為一。若是沒有恩典與聖靈的運行，人無法蒙上帝悅納，也無法獲致使人得救的信。救恩乃是上帝所賜的恩典，是因著人的信，藉著上帝的話並由聖靈所完成。
因此路德認為，上帝的話乃是上帝賜聖靈的管道(channel)。人聽到的是聖經的話，但上帝賜下的是祂的靈。有聖靈在裏面運行，人所聽到聖經的話成了上帝的話，人才能明白上帝的話。因此有上帝的話，就必定有聖靈的運行。
路德強調，聖靈不會毫無憑藉、漫無目的進到人裏面來運行，聖靈是藉著上帝的話運行在人裏面，使人得著福音的啟示。因此路德認為，無論是研讀聖經、教會禮儀或事奉體系，若無聖靈在人裏面運行，都不過是死的字句、外表的儀式與人為的組織，根本無法將上帝和上帝的恩福帶給人。
因此就著路德神學的內涵來說，聖靈乃是使一切客觀教義變成主觀體驗救恩的內在因素。此外，我們也必須注意，雖然路德強調聖靈帶進自由，使信徒脫離罪與律法的捆綁，並且認為信徒能與上帝有自由並個人的交通，不需再透過羅馬天主教會聖品人的媒介；但是他並沒有因此鼓吹並放任信徒脫離教會和聖經，而在經歷上不受約束，在舉止上為所欲為。
他所強調的聖靈工作，完全受上帝話語—聖經的限制，其應用乃著重信徒在日常生活中經歷救恩的祝福，不同於已往在孟他努運動及中世紀奧祕主義中所描述那特殊、極端的超自然特性。就著聖靈教義與經歷的發展上來說，這是一個在觀念上具有恢復性質的扭轉，平衡了中世紀經院哲學和奧祕神學中的偏差，也糾正不少瑕疵。
至於加爾文這位名副其實的系統神學家，對聖靈的解說比路德更有系統，結構也更明確。就著聖靈的身位一面，加爾文的說法係基於他的三一論，而他的三一論又承襲奧古斯丁與艾奎那路線，因此他肯定聖靈雖在身位上與父、子有別，但在本質或素質上與父、子是一。例如他曾引用希伯來一章四節說到：『上帝的本質是何等單純、不可分割；這本質在祂裏面完全且完整。…父雖因祂自己的特質而有別，卻完全將祂自己顯於子，…於聖靈亦然』。
他也引用約翰一章一節『道與上帝同在，道就是上帝』解釋父與子雖然在身位上有別，卻在本質上是一。他認為無論父、子、靈之間有何區別，都不能損害上帝最完全的一。完整的父在子裏面；完整的子在父裏面(約十四10)。因此子與父乃是一上帝；並且聖靈與父和子也沒有不同，因為聖靈乃是父與子的靈。不過他也承認，在說法上必須兩面兼顧，才能防止信徒落入亞流及撒伯流異端。他諄諄題醒，人的心思若因好奇而沉迷於此(關於三一上帝一與三的奧祕)，就會陷入迷宮，因為這一個奧祕實在遠超人智所及。
論到聖靈在信徒身上的工作，加爾文神學在內容上比路德更深入，聖靈工作與信徒救恩歷程的結合度，也顯得更為緊密。在上帝的話與聖靈的關係上，加爾文的看法比路德更進一步，他認為不僅人所傳講之上帝的話是聖靈的管道，聖經在本質上(in its essence)就是聖靈的管道。換句話說，他認為信徒無論是聽人傳講上帝的話或是自己研讀聖經，都能經歷聖靈運行而蒙光照或得啟示。
加爾文相信聖靈在人身上的運行始於重生。他認為當人心為聖靈開啟時，上帝的話就能進入。因此，信心乃由聖靈而來，這聖靈使人得重生，將人聖別，內住於人，在人心裏蓋印，賜人生命將人點活，並且聖靈還是基督將信徒緊繫於上帝的憑藉。
雖然加爾文在其代表作《基督教要義》(The Institutes of the Christian Religion)中，並沒有專論聖靈的章節，而在他零星題到聖靈時，篇幅也相當有限；不過他也像路德一樣，將聖靈與基督徒救恩的經歷充分結合。這是聖靈論發展過程中，在十六世紀時一個非常顯著的特徵，也是因宗教改革所帶來的重要恢復與改正。
