有些學者認為，聖經本身的確自稱是一卷有權威的、超自然性的書，但是他們認為這種見證不足為憑。他們指出，聖經中有許多錯誤和矛盾的陳述，因此推翻聖經對本身所作的見證。一般而言，反對聖經權威的理由可以分為下列數類：
A． 科學方面的誤解
反對者認為，聖經的作者對於宇宙有錯誤的觀念。例如聖經似乎教訓宇宙是以地球為中心的，而自然科學卻已證明，地球祗是太陽系中的一個星球而已。
這種反對可以從兩方面來回答。
第一，聖經是一卷教導救恩途徑的書，而不是一本專門性的科學書本。聖經教訓的對象既是住在地球上的人，因此對世上的人而言，在這方面地球確然是宇宙的中心。而且聖經乃是用普通人能瞭解的日常用語所寫成的。作者又是以住在地球上的人地位和角度來觀察宇宙的。雖然他們的科學知識非常淺薄，但是他們所提到的有關宇宙的陳述，卻是正確的。甚至今日的科學家，在日常的言語中，仍不免應用「日出」和「日落」的名詞。
第二，有些「錯誤」乃是解釋的錯誤。在中世紀時代，教會往往根據當時傳統的解釋，來反對科學的明證，但是這只是證明解經的錯誤，而並不證明聖經本身的教訓的錯誤。
B． 歷史方面的誤解
反對聖經權威的人認定，聖經在歷史的記載上有很多錯誤；或是其它的歷史記載不符，或是聖經自身的記載有年代上的衝突。
我們必須記得，古時的歷史不是完整的；而且近代的專家無法獲得同時代的全部或大部分資料，因此他們對古時代歷史的瞭解，也往往是片面而不完整的。此外，古時的歷史記載所用的數字往往是籠統的，當時的人對於時間的看法，與今人對於時間的觀念大不相同。我們不用現代「精細」的時間觀念，去判斷古人「約略」的時間觀念。有時年代的不同是由於作者應用不同年曆之推算。
C． 新約引用舊約經文的誤解
有人認為，新約作者在引證舊約經文時，常常不顧原句的本意，而強解經文，以適合他們的見解。
關於這類批評，我們應當從多方面來查考的。
第一，某些經文在舊約時代的環境中或許是很簡明的，但是新約時代的聖經作者，藉著基督道成肉身而來的更新及更豐富的啟示，可以從另一個角度來解釋那些經文。例如加拉太書3:16中的「子孫」；希伯來書11:24,27對摩西年輕時的行為的解釋；哥林多前書10:1,4對嗎哪的解釋。
第二，某些經文的話有著多種的含意。某一句話在舊約經卷中適合於某一方面的道理，而新約作者在論到另一方面的真理時，卻認為也可以適用的。例如羅馬書2:28。
D． 反對神蹟
凡是否認聖經中所描述的上帝的學者，當然會反對聖經中所記載的這位上帝所施行的神蹟奇事為不合理。他們認為，一個恒久的世界必須有一個恒久不變的自然定律，而這個自然定律乃是牢不可破的。由於神蹟都是與這個自然定律所衝突的，因此是不可信的。但是，自然定律也是上帝所創造的。為要顯明並實現救贖的計劃，他有能力，也有權柄，在需要的時，將自然定律暫置一邊，而運用超自然的能力。我們若相信他能從無有造出宇宙和其中的萬物，我們也能相信神蹟的存在。
E． 反對聖經中的道德觀
有些學者指出，舊約信徒的生活，如多妻制，休妻等的風俗，並不表現高超的道德標準。但是，我們應當記得，舊約信徒的生活，並不一定反映舊約聖經所啟示的道德標準，而只是使我們看到罪在人身上的影響。耶穌明指出，上帝造人是以一夫一妻制為原則的（太19:5-6）。關於休妻的制度，耶穌指出，那是因為猶太人心硬之故（太19:7,9）。由於以色列國的宗教和政府的密切關係，有些宗教道德所不能容忍的事，法律卻必須承認違法事實的存在，而定制法規。其它如戰爭中的殺害，對仇敵的咒詛等，必須要從罪的結果，和上帝整個救贖計劃上來解釋的。
我們並不否認，聖經中有許多問題是難以得到圓滿的解釋的。一方面是由於我們瞭解力的不完全（林前13:12），另一方面是由於資料的不足。基督教的神學家常這樣說：「當我們在聖經中遇到因難的時候，我們不應該立即下判語。假使我們對某一個問題無法解答，我們應當承認，我們並不知道一切，我們無法得到解答。若要宣稱聖經中有錯誤，毋寧承認我們自己知識的不足為是」。
