一方面路德看出經院哲學的失敗，但是另一方面但他也不附從人文主義。路德偶而也應用經院哲學的思想方式，但大體上，他反對經院哲學家的教導。路德說，阿奎那帶來亞理斯多德的優點，也因這樣，阿奎那大大地破壞敬虔之道。阿奎那曾說，凡沒有研究亞理斯多德的人，都不能成為神學家。路德認為讓這批經院哲學家來指導福音和救恩的事情是不安全的。
路德的改革可說是從他自己的生命經驗而產生。他有許多論悔改和救恩確據的著作。在改革上，他最關心救恩論。他主要的問題，就是「我將如何找到那位恩慈的上帝？」
這個問題，我們可從他的講章、真道問答，和他的著作裏看得出來。他對理性的神學不感興趣，他所處理的，都是信仰基本的問題。例如上帝的聖潔、上帝的愛、人之罪性、律法與福音、基督、信心和稱義等。他透過本身的經驗及自己悔改的經驗去處理這些問題。路德是偉大的宗教天才。他富有才智，能洞察自己，也能察覺那個時代的屬靈需要。他的信息，解答了眾人心中各種的問題。
到這時期為止，宗教改革的原則己確立。不過，當這原則未成為動力之前，必須先給許多有心改革的人去體認和體驗。路德的教義的發展是漸進的。從教義的角度看，路德從主後一五一三年至一五一七年這段期間所產生的思想，還是屬於他早年的思想，也是他剛從中世紀轉變過來的思想。這時他對罪、福音、基督、律法、信心、稱義、彌撒的祭物、七種聖禮，和教會的權威等問題均已獲得了新觀念。不過，在其他方面，他依舊是屬於羅馬天主教的。
路德在威登堡教堂張貼九十五條以後，他對福音便有更深入的解釋。他對信心、行為、律法與福音、罪惡與恩典、稱義和贖罪等都有新的思想，甚至在主後一五一七年(宗教改革正式開始那年)以後，路德在許多方面還繼續發展其思想。然而，一直到一五二○年，他仍舊向聖彼得禱告。甚至到一五二八年，他還向聖亞拿及馬利亞禱告著。
宗教改革並不是要創立一個新宗教，也不是要建立一個新的基督教，乃是要保存以往歷史中最好的成果，並力求上進。
路德推翻羅馬天主教的功德觀。他說，救恩絕不能依靠人的功德。救恩乃是從上面來的，所以他把整個救恩都建立在上帝的恩典上，就是上帝藉著基督的功勞赦免了人的罪。
路德也主張行善事。他說：「在教會實施的一切事務上，沒有一件善事會與聖經相違的。」
從教義方面講，路德算是保守的。他接納基督教的普世信經。他指出尼西亞信經和使徒信經都是有權威的文件。他評估亞他拿修信經說：「自使徒時期以來，沒有任何著作，能比得上亞他拿修信經那樣的重要和榮美。」
奧古斯丁所主張人自然敗壞的教義，和自然敗壞對人意志之影響的看法，路德都樂意接受。路德的救恩論也是從奧古斯丁講起。不過，他認為奧古斯丁沒有好好區別稱義和成聖。
路德神學是建立在一種神人的聯合之原則上；上帝在基督裏，籍著基督賜給我們救恩。路德在道成肉身上看到上帝與基督兩性的位格聯合。他的人性參與他神性的屬性中。路德覺得他與亞歷山太希利羅的基督論相符合，而卻與涅斯多留的基督論相違。
路德認為教會是有形與無形的，她是一個教會而包含有兩種有機關係的聯合。它好像一個圓圈在另一個圓圈之內一般，而不是兩個相伴的圓圈
。
路德強調唯有籍著信心，加上上帝的恩典，才能獲得平安。他提出兩點：
(1)人為獲得救恩所作的一切努力都是徒勞無功，人不能做什麼，僅能因著信接受這恩典而已。
(2)這恩典是一種白白的恩賜，要賜給凡尋找上帝的罪人。信心之路才是確實可靠之路。他說「你信多少，就有多少。」這原則推翻了那靠著善行得功勞的觀念，並叫人看見依靠哲學的推理都是無用的。路德的原則對整個人類文明起重大的意義。它對科學，文學，及一切學問都有一種解放的力量。這一切的學術都不再受羅馬天主教階者所束縛。「唯有信心」這原則也對近代文化之發展提供了一個良好的基礎。
路德對德國文學，不僅提供了白話文，也提出不計其數的辭藻和慣用語。他對德國哲學也起了相當深遠的影響。德國的理想主義離不開路德的改革。他主張個人生活的重要性重於宗教的生活。他確立個人獨特的價值。針對這一點他講得比文藝復興更加積極。
