主權的正確定義就是「至高主權的佔有或行使」，其中最重要的一個字就是「至高」。這至高主權似乎被認為是君王的治理。在絕對的意義上唯有上帝是主權者，因為他的權柄才真是至高，他持有統管全宇宙的支配權。
「世上所有的居民，都算為虛無，在天上的萬軍和世上的居民中，他都憑自己的旨意行事，無人能攔住他手，或問他說，你作什麼呢？」（但四35）
然而「主權」這個名詞有它相關的意義。主權的上帝已將權柄賜給他的受造之物，以管理別的受造之物。因此將主權歸之於政府也是適當的：而且一般說來也如此成就了。很少有人將主權歸之於教會，當然這樣的歸屬也不算不合適。教會的主權在榮耀方面來說是頗有意義的。
我們可以說政府或者是教會的能力權柄不拘有多麼大，唯獨上帝是主權者。上帝有主權管理教會，教會要完全服從於上帝，教會的本份就是順服上帝的律，而且教會沒有權柄製造自己的律法，來抵觸或增加上帝的律法。教會不可以允許上帝所禁止的，也不可以禁止上帝所允許的。
因為教會要服從上帝，所以也要服從教會的元首耶穌基督。基督治理教會，他是絕對的君王，他的話就是教會的律法，教會無權藉著更改、加添或刪除來羞辱他的律法。若說教會沒有律法權是完全正確的，因為基督已經把完全的律法賜給教會。當教會為了維持良好的秩序而制定某些規章，這些絕不等於基督的律法。
教會主權受到限制是何等清楚！論到上帝，基督教會的主權簡直是不存在的。
然而上帝把與人有關的主權賜給教會，可是在名稱上這個主權是具有彈性的。這個主權受限制與否的問題，已經成為教會歷史中多所爭論的主題。
當上帝按著他自己的形象造人時，他把某種原有的權利賜給了人。由於人墮落罪中，在他裏面屬上帝的形象遭到破壞，甚至大部份喪失，但沒有完全消滅，因此每個人都保有某些不可剝奪的權利。對於重生的人來說，他裏面得以恢復，天賦的權利得到增強，言論自由與崇拜自由是其中兩樣。實在說來，行使那些權力使每個人必須尊重別人的權利，此外尤其當尊重上帝的律法，但無人可剝奪別人的權利。天主教即是如此，從前天主教不但禁止人念聖經，也不許人擁有聖經；甚至往往把那些膽敢批評教會的教訓與習慣者處以死刑。但無疑地，教會在論及個人主權時是受到限制的。
所以教會對家庭來說，也是受到限制的。上帝在伊甸園中設立了家庭，上帝造了女人便將她賜給亞當作其妻子，上帝吩咐他們：「要生養眾多，遍滿地面」（創一28）。說來很有意義的是，使家庭成立的是上帝而不是教會，先有了家庭然後才有教會。也可以說家庭就像個人一樣擁有某種不可侵犯的權利。家庭的預算要有多少該奉獻給教會，一個家庭應該吃什麼東西，家庭中有人死了應葬於何處？這都不是教會所應當管的事。論到教會主權應受限制的例證不勝枚舉，但是論到教會與政府關係需要特別注意。
一百年來教會與政府關係的敵對見解彼此爭論已久。西方教會在天主教主教領導下早已採取立場，表示教會必須在政府以上執行主權。也有主張政教分離的，所謂政教分離，就是說教會不可以管政府，也不可以干涉純屬政府的政治之事，而政府也不可干涉教會屬靈的事。簡言之，教會與政府都是各有主權，各有自己的範圍，每一個教會都承認他者的主權。那正是主耶穌所說的：「……該撒的物當歸給該撒，上帝的物當歸給上帝」（太廿二21），但大部份的教會是已經變為普世的了。一個普世的教會必須超越國家主義的範圍。既不是政府創立了教會，也不是教會創立了政府，乃是上帝創造了二者，並且把特權分賜給二者，這豈不是很明顯的嗎？
不可避免的結論是政府對教會的主權是受限制的，教會對政府的主權也是受限制的。教會只有在自己的範圍內有其主權，教會的主權並非是全體主義的。
